盡管水性油墨有著諸多優勢，但在實際應用中也面臨著一些挑戰。干燥速度慢是水性油墨較為突出的問題，由于水的蒸發潛熱大，相比有機溶劑，水性油墨的干燥速度明顯較慢 。在濕度較高的環境下，水分蒸發受阻，干燥時間會大幅延長，嚴重影響生產效率，還容易出現油墨蹭臟、粘連等問題。為解決這一問題，企業通常會改進干燥設備，如增加干燥箱長度、提高熱風溫度和風速，優化熱風循環系統，加速水分蒸發。同時，結合紅外干燥、紫外線干燥等輔助干燥方式，也能有效提高干燥效率。在工藝上，會根據環境溫濕度靈活調整干燥參數，采用分段干燥，先低溫預干燥使油墨初步固化，再高溫徹底固化。

附著力不足也是水性油墨應用時的一大難題。當印刷在一些表面能較低、極性小的材料，如 BOPP 薄膜上時，油墨容易出現脫落、掉墨現象 。這是因為 BOPP 薄膜分子結構緊密，與水性油墨親和力差，且水性油墨若樹脂選擇不當、助劑使用不合理，也會影響附著力。解決這一問題，可對薄膜進行電暈處理或等離子處理，增加薄膜表面粗糙度和極性，提高表面能。在油墨配方上，選用與薄膜兼容性好的水性樹脂，如含特殊官能團的改性丙烯酸樹脂，合理調整助劑用量，添加附著力促進劑，增強油墨與薄膜的結合力。